Глава 4.2.1. Фактори, що впливають на утворення вторинної структури ::: Структура ::: Білок і все про нього в біології і хімії

Глава 4. Структура

4.2.1. Фактори, що впливають на утворення вторинної структури

Структура певної ділянки поліпептидного ланцюга істотно залежить від структури молекули в цілому. Фактори, що впливають на формування ділянок з певною вторинної структурою, дуже різноманітні і далеко не у всіх випадках повністю виявлені. Відомо, що ряд амінокислотних залишків переважно зустрічається в -спіральні фрагментах, ряд інших - в -складки, деякі амінокислоти - переважно в ділянках, позбавлених періодичної структури. Вторинна структура в значній мірі визначається первинною структурою. У деяких випадках фізичний зміст такої залежності може бути зрозумілий з стереохимического аналізу просторової структури. Наприклад, як видно з малюнка в -Спіралі зближені не тільки бічні радикали сусідніх уздовж ланцюга амінокислотних залишків, а й деякі пари залишків, які перебувають на сусідніх витках спіралі, в першу чергу кожен (i + 1) -й залишок з (i + 4) -м і з (i + 5) -м. Тому в положеннях (i + 1) і (i + 2), (i + 1) і (i + 4), (i + 1) і (i + 5) -спіралей рідко одночасно зустрічається два об'ємних радикала, таких, наприклад, як бічні радикали тирозину , Триптофану, ізолейцину. Ще менш сумісно зі структурою спіралі одночасне наявність трьох об'ємних залишків в положеннях (i + 1), (i + 2) і (i + 5) або (i + 1), (i + 4) і (i + 5). Тому такі комбінації амінокислот в -спіральні фрагментах є рідкісним винятком.